广东六一儿童医院设有多个特色专科。这些专科包括但不限于儿童行为发育科、生长发育科、神经发育科、学习困难科、青少年心理障碍科等。
此外，医院还辅以儿童保健科、中医儿科、皮肤科、过敏/变态反应科、眼耳鼻喉科、小儿外科等科室，全体系专业治疗儿童多动症、孤独症（自闭症）、抽动症、语言发育迟缓、精神发育迟滞、脑瘫、癫痫、智力低下、矮小症、性早熟、学习困难、心理障碍等儿童疑难病。
作为一所集医疗、保健、康复、科研、健康宣教和管理为一体的儿童特色专科医院，广东六一儿童医院致力于为儿童提供全方位的医疗服务。
